법인세는 주식회사·유한회사 등 법인이 사업연도 동안 벌어들인 과세소득에 대해 납부하는 세금입니다. 개인사업자의 종합소득세와 가장 크게 다른 점은 납세 주체와 세율입니다. 법인세는 법인 자체가 납세 의무자이며, 과세표준에 따라 9%~24%의 누진세율이 적용됩니다. 반면 개인사업자는 사업소득을 포함한 모든 소득을 합산해 6%~45%의 종합소득세를 내야 합니다. 따라서 일정 규모 이상의 사업은 법인으로 운영하는 것이 세부담 면에서 유리한 경우가 많으며, 법인 전환 시기와 방법에 대한 사전 검토가 중요합니다.

법인세 과세표준은 '회계상 당기순이익'을 세법 기준으로 재계산하는 세무조정 과정을 거쳐 확정됩니다. 익금산입은 회계상 수익으로 계상되지 않았지만 세법상 과세 대상이 되는 항목을 소득에 더하는 것이고, 손금불산입은 회계상 비용으로 처리했지만 세법상 인정되지 않아 소득에서 뺄 수 없는 항목입니다. 대표적인 손금불산입 항목으로는 법정 한도를 초과한 접대비, 증빙 불비 경비, 업무와 무관한 지출, 임원 과다 보수 등이 있습니다. 이 조정을 정확히 해야만 과세표준이 올바르게 산출되어 과·납세 위험을 피할 수 있습니다.

세무조사에서 가장 빈번하게 지적되는 쟁점은 두 가지입니다. 첫째, 특수관계인 거래의 부당행위계산 부인입니다. 대표이사 가족이나 계열사와 시가보다 유리하거나 불리한 가격으로 거래하면 과세관청이 정상 가격으로 재계산하여 세액을 추징하고 가산세까지 부과합니다. 둘째, 가지급금 및 업무 무관 경비 문제입니다. 증빙 없이 대표이사에게 유출된 가지급금은 법인세뿐 아니라 대표이사 개인의 근로소득세까지 급격히 늘리는 이중 과세 부담을 초래합니다. 이 두 쟁점은 적발 시 수년치 세액에 가산세(최대 40%)까지 추징되므로 평소 관리가 필수입니다.

과세전적부심사는 세무조사 결과 통지를 받은 날로부터 30일 이내에 정식 과세 처분이 확정되기 전에 그 타당성을 다투는 사전 권리 구제 절차입니다. 이 절차를 활용하면 ① 정식 세금 고지 전에 억울한 추징을 막을 마지막 기회를 얻을 수 있고, ② 세무서와 논리적 협상이 가능하여 추징액을 대폭 줄이거나 취소시키는 사례가 실무상 다수 있습니다. 단, 청구 기한(30일)이 매우 짧고 회계 장부의 정당성을 입증하는 논리 구성이 핵심이므로, 통지를 받는 즉시 법률·세무 전문가의 조력을 구해야 합니다.

납세고지서를 받은 후에도 조세불복 제도를 통해 추징액을 다툴 수 있습니다. 납세고지서 수령 후 90일 이내에 조세심판원에 심판청구를 제기하는 것이 일반적인 첫 단계입니다. 조세심판원은 행정 기관이므로 비용이 낮고 절차가 비교적 빠릅니다. 심판청구 결과에도 불복하는 경우, 기각 결정문 수령 후 90일 이내에 행정법원에 조세소송(과세 처분 취소 소송)을 제기할 수 있습니다. 행정소송은 법리 다툼이 핵심이므로 조세 전문 변호사의 조력이 승패를 좌우합니다.

법인세 신고 불성실·납부 지연 시 세 가지 제재가 동시에 가해집니다. ① 무신고 가산세: 납부세액의 20%(부정 무신고 시 40%), ② 과소신고 가산세: 과소신고 세액의 10%(부정 과소신고 시 40%), ③ 납부지연 가산세: 미납 세액에 대해 1일 0.022%씩 누적 부과됩니다. 고의적인 이중장부 작성이나 증빙 위조가 수반되면 조세포탈죄(3년 이하 징역 또는 포탈세액의 3배 이하 벌금)로 형사 고발될 수 있습니다. 세금계산서 없이 비용을 처리하거나 현금 매출을 누락하는 것도 같은 리스크를 안고 있습니다.